Фанкойлы эксплуатируют, как правило, внутри помещений, но это не предполагает щадящих условий для них. Допускается использование этих агрегатов как для кондиционирования воздуха в помещениях, так и для их частичной приточной вентиляции путем подмеса свежего наружного воздуха, а также для отопления. Причем теплоноситель может быть подан как от чиллера, так и от автономной котельной либо от индивидуального теплового пункта. Таким образом допускается круглогодичная работа фанкойла, что объясняет необходимость проведения ежемесячных, ежеквартальных, полугодовых и ежегодных работ по его сервисному обслуживанию.